转基因大豆对生物资源和生态系统可能带来的风险主要包括：
1、可能影响生物的多样性。转基因大豆是一种优势大豆品种，会限制大豆品种的发展，从而影响大豆品种的多样性。一方面，由于具有较高的经济效益从而促使大豆种植者选择转基因大豆而放弃大豆；另一方面，转基因大豆会通过“基因漂移”而破坏大豆的原始基因。
2、可能引起耐除草剂杂草的蔓延。研究表明，转基因大豆使用除草剂量较种植大豆多11．4%，这无疑会加速抗性杂草的发展，会使某些物种抗性剧增。
针对“转基因大豆油”本身，其风险相比于“地沟油”，“农药残留”等短期内证明对人类健康有严重危害的成分来讲，其风险性很低，可以放心食用。原因如下：
1、大豆油的基因成分99%以上被分解成化学分子，已经没有人任何基因功能。大豆油经过深层次加工，压榨、蒸馏等反复工序，几乎已经不含完整的基因片段了，也就是说全成了化学分子了，没有基因结构了，于是，即使是转基因，转入的基因成分也被无限分解消化于无形了（所以吃了这些基因后，跟喝珍奥核酸是一个道理），所以即使转基因本身有风险，但做成了油，风险转化成微乎其微了。
2、目前市面上的转基因大豆是国外进口的转基因大豆，不仅经过国内的安全评价，早已经过对转基因生物*保守的欧盟安全评价中心的评估，批准上市近十年了，也未观察到明显的毒害效应。合法转基因粮食按规定是由农业部的转基因安全评价中心进过5-6个步骤包括“田间试验”，“动物食用安全实验”，“生物安全评价”等一系列安全风险步骤的评估的。
3、但由于转基因本身的发展只有十几年，长期的效果，如对生态的影响，或者出了转入的基因引起粮食本身的其他形状的慢性改变，还没有长期的观察数据。故有其不确定性。目前*有争议的转基因粮食在中国本身有两个问题是：转基因的知情权，消费者并不知道自己购买的产品是否含有转基因；二是：很多转基因作物没有经过科学的安全审批评价就大量流入市场。但情况*严重的是水稻和木瓜，大豆较少。
目前，我国和已经食用转基因大豆8年的美国并没有在消费者中产生明显的不利症状。从营养安全的角度讲，目前还没有发现转基因食品不利于人体健康的证据，也没有出现因此引发的食品安全纠纷。因此，转基因大豆油还是可以放心食用的。
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